Jean-François GOSSIAUX mène depuis vingt ans des recherches dans les Balkans, avec des travaux portant d'abord sur l'organisation familiale, puis sur les phénomènes d'ethnicité, dans leurs rapports avec les problématiques du pouvoir. En s'appuyant sur l'exemple des Valaques aroumains, il s'efforce notamment d'analyser la construction - matériaux, procédés, fins - d'un ethnicisme trans-national dont le modèle apparaît congru à la nouvelle organisation de l'espace européen.
Par ailleurs, il s'attache au développement d'un observatoire de l'élargissement de l'Union européenne, projet dont il suit particulièrement le volet relatif aux pays balkaniques.